这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐（宫内敦士 配音）在闹市街头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）与生化人草薙素子（坂本真绫 配音）在真室中佐的墓地首次相遇。此时草薙还只是501机关负责网络犯罪追查的军人，此行她希望找到倍为尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相。谁知，棺木中的中佐早已不见了踪影。在此之后，她受到荒卷委托展开调查，并在一连串凶险追查的过程中与前特种部队成员巴特（松田健一郎 配音）和时为新滨县刑警的陀古萨（新垣樽助 配音）邂逅。扑朔迷离的案情，草薙一行被引向未知的彼方…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
演员：田中真弓 冈村明美 中井和哉 山口胜平 平田广明 大谷育江 山口由里子 矢尾一树 长岛雄一 池田秀一 古川登志夫 古谷彻 大塚周夫 津嘉山正种 草尾毅 大场真人 宝龟克寿 园部启一 柴田秀胜 中博史 阪口大助 竹内顺子 千叶繁 三石琴乃 挂川裕彦 堀秀行 田中秀幸 大友龙三郎 有本钦隆 大塚明夫 玄田哲章 小山茉美 土井美加 野田顺子 渡边美佐 野上尤加奈 林原惠美 水树奈奈 园崎未惠 西原久美子 久川绫 泽城美雪 池泽春菜 斋藤千和 神谷浩史 浪川大辅 森久保祥太郎 石田彰 高木涉 桧山修之 子安武人
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演员：铃木达央 长岛雄一 中田让治 内山夕实 金子隼人 稻田彻 榎木淳弥 浪川大辅 加濑康之 莲池龙三 下妻由幸 莲岳大 山本兼平 阿座上洋平 野上尤加奈 小市真琴 德本英一郎 石井康嗣 浦山迅 水中雅章 千叶繁 广濑裕也 黑泽朋世 松田健一郎 高桥良辅 铃木美园 平川大辅 龟冈洋孝 石田彰 白熊宽嗣 前川凉子 绪方惠美 加藤将之 柴田秀胜 金尾哲夫 竹内荣治 柳泽荣治 马修·马萨尔巴罗 藤原启治 桑谷夏子 保志总一朗 小野大辅 樱井孝宏 泽城千春 高桥伸也 村濑克辉 平田真菜 桧山修之 游佐浩二 小西克幸 星
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